La Estación de Protección de Plantas, tiene la misión de garantizar la protección fitosanitaria de los municipios que atienden, con un impacto ambiental favorable y el uso de semillas y variedades con  la calidad requerida, y con este fin cumple las funciones específicas siguientes:

1. Cumplir y hacer cumplir lo establecido en la legislación vigente de la Sanidad Vegetal y demás disposiciones legales. Aplicar en los casos que procedan las contravenciones sobre las regulaciones fitosanitarias;
2. orientar las medidas necesarias en la prevención y reducción de desastres fitosanitarios;
3. controlar la introducción de los logros de la investigación relacionados con la Sanidad Vegetal en su territorio;
4. realizar los controles estatales para evaluar el trabajo fitosanitario en las unidades de producción de su territorio;
5. cumplir las regulaciones y procedimientos establecidos para el control interno, garantizando la debida protección y uso de los recursos asignados por el estado para el desempeño de la actividad;
6. participar con la Empresa de Seguro Estatal Nacional en la determinación y evaluación de pérdidas de cosechas atribuidas a plagas y la determinación de riesgos;
7. elaborar los programas territoriales de manejo de plagas para los cultivos con un enfoque sostenible basado en las condiciones, características y potencialidades concretas del territorio y el comportamiento histórico de las plagas de los cultivos;
8. garantizar mediante los procedimientos y metodologías la señalización y el pronóstico sobre la aparición y desarrollo de plagas en los cultivos, emitiendo a lasunidades de producción la señal correspondiente,
9. supervisar sistemáticamente el cumplimiento de lo indicado en la señal emitida y el resultado de otras acciones tomadas por los productores; y
10. asesorar a técnicos y productores en la elaboración de sus propios programas de manejo de plagas a partir de las condiciones concretas de sus parcelas y cultivos, y en la planificación de los recursos necesarios para su ejecución.

Para el cumplimiento de su misión y funciones cuenta con una estructura plana que se expresa a continuación: un Jefe de Estación y Protección de Planta, tres Especialistas B en Protección de Plantas y Cuarentena Vegetal, cuatro Especialista B en Protección de Planta y Cuarentena Vegetal y un Especialista B en Certificación de Semillas.