La Estación de Protección de Plantas, tiene la misión de garantizar la protección fitosanitaria de los municipios que atienden, con un impacto ambiental favorable y el uso de semillas y variedades con  la calidad requerida, y con este fin cumple las funciones específicas siguientes:

1. Cumplir y hacer cumplir lo establecido en la legislación vigente de la Sanidad Vegetal y demás disposiciones legales. Aplicar en los casos que procedan las contravenciones sobre las regulaciones fitosanitarias;
2. orientar las medidas necesarias en la prevención y reducción de desastres fitosanitarios;